屯溪区法院是1949年成立的屯溪市人民法庭演变而来，由于本地区行政区划变动频繁，法院也多次易名，机构沿革比较复杂。

屯溪市人民法庭   1949年5月，屯溪市人民法庭成立，相当于屯溪市政府下属一个科，后法庭与政府司法科合并。下设有一看守所（1950年12月后移交公安局）。法庭干部二名，看守员一名。无固定办公场所，曾半月迁三次。

屯溪市人民法院   1950年2月15日，屯溪市人民法庭更名为屯溪市人民法院，审判官李舟（皖南行署委派，1949年5月18日到职），书记官刘文华，看守所长刘忠（均系屯溪市委、市政府首长决定分配），无旧时留用人员。屯溪市人民法院为屯溪市辖区内民刑案件的第一审法院，直接上级管辖审判机关为徽州专员督察公署民法科（其先后改称为皖南人民法院徽州分院、安徽省人民法院徽州分院）。辖区内有三个街政府、四个乡政府（高阳乡、阳湖乡、隆新乡、率口乡），总人口四万九千余口。

安徽省人民法院徽州分院   1952年7月，法院系统开展司法改革运动，屯溪市人民法院和安徽省人民法院徽州分院合并。

休宁县人民法院   1958年－1959年，撤销屯溪市人民法院（对外保留），与休宁县人民法院合并为休宁县人民法院。

屯溪市人民法院   1961年4月，休宁、屯溪分设，恢复屯溪市人民法院，隶属徽州地区中级人民法院。

休宁县屯溪人民法庭   1963年5月，屯溪市变更为屯溪镇，属休宁县。9月1日，正式成立休宁县屯溪人民法庭。11月任命陈之沛为法庭庭长。根据《人民法庭工作试行办法（草案）》的规定，法庭审理婚姻、抚养、债务、赔偿、房屋、土地、山林、水利等一般民事案件，轻微的斗殴、伤害、虐待、妨害婚姻家庭及一般危害社会治安的轻微刑事案件。

1965年1月1日，屯溪镇划归专署直接领导，法庭挂“休宁县屯溪人民法庭”牌子，业务归徽州中级人民法院直接领导。屯溪地区刑事、民事案件不属于法庭受理的，由徽州地区中级人民法院作一审，在法庭干部内由专署任命一名为徽州地区中级人民法院的审判员负责办理，判决书以徽州地区中级人民法院的名义制发，调解书以法庭的名义制发。

公检法军管小组   1968年，法庭撤销，成立“公检法军管小组”实行军管，后成立屯溪镇革命委员会，下设人民保卫组，内设审判小组，代行法院的刑事审判职能，审判小组不审理民事案件。

安徽省徽州地区屯溪人民法庭   1973年4月恢复法庭，并由休宁县屯溪人民法庭更名为安徽省徽州地区屯溪人民法庭。

屯溪市人民法院   1975年12月，恢复设立屯溪市。1976年3月15日，撤销安徽省徽州地区屯溪人民法庭，设立屯溪市人民法院，内设刑事审判庭、民事审判庭和办公室。

1981年11月，屯溪市人民法院成立经济审判庭。

1982年，法院设立执行小组。

1987年年初，成立筹备组筹建行政审判庭。

黄山市屯溪区人民法院  1987年12月撤销屯溪市，设立黄山市屯溪区。1988年2月25日，撤销屯溪市人民法院，设立黄山市屯溪区人民法院。4月12日，法院启用“黄山市屯溪区人民法院”印章。

1988年10月，法院正式成立行政审判庭。

1989年1月，设立筹备组筹建执行庭。

1990年1月，法院正式成立执行庭。10月，成立告诉申诉庭。

1997年，7月22日，上报《黄山市屯溪区人民法院机构改革实施方案》，内设机构有：刑庭、民事庭、经济庭、行政庭、告诉申诉庭、执行庭、办公室、政工科、法警大队。其中办公室、政工科、研究室、纪检（监察）四个机构一套人马。机关党支部、纪检（监察）机构设置按党章规定执行。12月26日，按照黄山市中级人民法院原则同意的《关于审核机构改革方案的批复》，并作个别修正：1、撤销告诉申诉审判庭，增设立案庭、审判监督庭、研究室；2、领导职数明确为院长一名，副院长二名，副院长级审判员四名。

1998年3月，《黄山市屯溪区人民法院机关机构改革方案》经黄山市中级人民法院审核同意后，中共屯溪区委批准实施。内设十一个机构：刑庭、经济庭、民庭、行政庭、立案庭、审监庭、执行庭、办公室、政工科、法警大队、研究室。

2001年12月，经屯溪区编委同意成 立法院执行局，与执行庭合署办公。

2002年，按照黄山市中级人民法院审核、屯溪区编委审批，中共屯溪区委11月12日批准的机构改革方案，法院有十一项主要职责，包括审判，执行和信访接待，法官和其他工作人员教育、培训和管理，司法行政和后勤保障，信息调研和法律宣传，指导基层人民调解委员会的工作等。内设政治处和十个职能部门：办公室、立案庭、刑庭、民一庭、民二庭、行政庭、审监庭、执行庭（执行局）、研究室、法警大队。行政编制五十三名（含区委政法委一名）。领导职数：院长一名，副院长二名，政治处主任一名（由副院长兼任或由院级副职干部专任）；按院领导副职级别配备审判员四名；其他审判人员的职级配备按现行有关文件执行。

2007年6月17日，省高院以皖高法政[07]31号文件对设立黄山经济开发区人民法庭予以批复

       2008年8月，经屯溪区编委批复，屯溪区法院设立司法技术办公室，负责司法鉴定及其他专门性的技术工作。

    2013年5月，经屯溪区编委批复，屯溪区法院设立审判管理办公室。